关于萌学园的校长，大家都喜欢谁呢？萌学园校长一职频繁更替，最终战胜了邪恶，迎来了和平，任萌学园校长之职的有谁呢？
第一位就是肯豆基，肯豆基是萌学园第一任校长，长老会的长老，是肯思嘉的爸爸，乌拉拉与乌克娜娜的爷爷。后来随着前任大长老里奥纳多·皮卡啾带着暗黑档案X的离开，肯豆基接任了大长老一职。
肯豆基肯豆基承受着一切责任与困难，肯豆基的最终目的是希望夸克族能够远离暗黑大帝的侵袭。肯豆基的魔法是圣域盘龙，这是仅次于萌骑士团的五芒星阵和索雷伊圣剑的最强魔法。曾一人抵抗暗黑大帝四颗灵石的能量，后来，与暗黑大帝大战后，下落不明。
第二位欧斯盖达，欧斯盖达是萌学园第二任校长，是夸克族有史以来最年轻的长老。原长老会长老、西萌校长，因为肯豆基私藏冥月顽石的缘故，被老兵带离萌学园，肯豆基返回了长老会。
欧斯盖达欧斯盖达便接替了肯豆基的位置，欧斯的魔法是风切变，欧斯是炎之星焰王的养父，是夸克族有史以来最年轻的长老。因为欧斯对暗黑大帝有着深仇大恨，所以组建了萌战士，欧斯带领着他亲手训练的萌战士，攻入地下水道。结果被暗黑军团包围在了地下水道。还好萌骑士及时赶到，救下了欧斯与焰王。
欧斯盖达最后由于焰王，使欧斯放下了仇恨，带领着萌骑士封印了地下水道，之后，由于有任务被调走。
第三位是司徒朗，他是萌学园第三任校长，原是东萌校长、长老会长老。司徒朗的魔法是眼睛看不见、伸手摸得到的隐隐咒。
司徒朗司徒朗是暗黑大帝在长老会的卧底，后来因为想要拿回暗黑大帝五颗灵石之一的黑磁石，在萌学园当校长的机会，偷走了黑磁石。司徒朗却不知道，黑磁石已经被前任大长老里奥纳多·皮卡啾将奈亚之泪，加入进了黑磁石。
没想到司徒中计，他把加入了奈亚之泪的黑磁石给了暗黑大帝，暗黑大帝吸收了黑磁石的能量，却瞎了一只眼。自作聪明的司徒朗付出了代价，被暗黑大帝给除掉了。
第四位费司特，他是萌学园第四任校长，费司特原是长老会长老，曾经的萌骑士队长，帕滑落地的学弟。费斯特是受肯豆基大长老委派，前往萌学园接替欧斯校长的位子。另外，Dr.维多利亚喜欢费司特。
费司特费司特的魔法是圣光之盾，因为暗黑大帝的五颗灵石之一的海地司，在阴森女公爵手中。所以就去了时空裂缝，与阴森女公爵争夺海地司，之后，与肯豆基一样，下落不明。
萌学园的第五任校长毕程所愿，毕程所愿是毕程大器的伯父，管理着毕程商行，有着众多的魔法道具。毕程所愿在与帕滑落地、罗博高争夺校长一职胜出，由此，成为了萌学园新任校长。
黑魔王毕程所愿因为暗恋陶喜儿的妈妈而嫉恨陶格，毕程所愿有很大的野心。毕程所愿的真实身份是黑魔王，黑魔王将索雷伊圣剑转变成了黑色的索雷伊圣剑，他真正的目的是拥有极光辐能，然后统治整个宇宙。
黑魔王为此拿到了三族之钥，打开了极光之地的封印。但最后黑魔王以失败而告终，极光族的达诺长老与黑魔王同归于尽。
萌学园的第六任校长是罗博高，罗博高原是南萌星系学教授，罗博高是陶格、帕滑落地、毕程所愿的同学。
罗博高罗博高的魔法是魔磁牵引术，个性十分自恋、爱吹嘘、常常闹出很多笑话，但做事十分认真负责，与帕滑落地常闹出矛盾。
帕滑落地是萌学园的代理校长，萌学园的教务主任。曾当过萌骑士的队长，卸任的幻之星。在他左肩膀上有一只猫头鹰，有时经常粗心大意、滑稽搞笑、幽默风趣。
帕滑落地帕滑落地曾喜欢维多利亚，后来喜欢上了大甜甜，帕滑落地当过三十九次代理校长，就是没有当上过正式校长，不喜欢别人拿这件事刺激他。
帕滑落地刚正不阿、尽心尽力的守护萌学园，萌学园一有危机，总能见到帕滑落地的身影。帕滑落地很重视校规与风纪，尊重校长，认为自己在学校里就是为了执行校长的命令而存在，很认真指导学生。