实验室检查
粪便检查粪便性状呈糊状、稀便或水样，量多或具恶臭，粪便中不含黏液、脓血或仅含脂肪时，常提示为小肠性腹泻或肝、胆、胰腺功能低下性腹泻;如粪便量少，含黏液、脓血时则多提示为结肠性腹泻;粪便中发现原虫、寄生虫或虫卵，又能排除其他原因时，可提示为原虫、寄生虫性腹泻;粪便培养可分离出多种致病菌，对诊断有重要价值，但应强调粪便取材要新鲜，送检应及时，否则会影响诊断。此外，如一次培养阴性时，不能轻易否定感染性腹泻，还应多次送粪便培养，有时会获得阳性结果。
2.胰腺外分泌功能试验如怀疑腹泻是胰腺疾病所致时，应进行胰腺外分泌功能试验，如试餐试验(Lundh试验)、苯甲酰-酪氨酸-对氨基苯甲酸试验(PABA试验)及促胰泌素试验等。
3.小肠吸收功能试验
(1)粪便中脂肪球、氮含量、肌纤维和糜蛋白酶含量测定：显微镜高倍视野下，脂肪球高达个以上时(苏丹Ⅲ染色法)，可考虑脂肪吸收不良;粪便中含氮量增加时，考虑系糖类吸收不良;粪便中肌纤维增多，糜蛋白酶含量降低时，都提示小肠吸收不良。
(2)右旋木糖试验：小肠吸收功能不良者，尿中D-木糖排出量常减少。
(3)放射性核素标记维生素B12吸收试验(Schilling试验)：小肠吸收功能障碍者，尿内放射性核素含量显著低于正常。
4.呼气试验多为14C-三酰甘油呼气试验。脂肪吸收不良者口服14C标记的三酰甘油后，由肺内呼出的14C标记的CO2减少，而粪中14C标记的CO2排出量增多。近年来开展较多的13C呼气试验可观察糖类的吸收情况，对乳糖吸收不良亦有重要的诊断价值。此外还有14C甘氨酸呼气试验等方法。
影像学检查
1.X线检查钡餐或钡剂灌肠检查可了解胃肠道的功能状态、蠕动情况等，对小肠吸收不良、肠结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎、淋巴瘤、结肠癌等有重要诊断价值。
2.B超、CT或MRI检查可观察肝脏、胆道及胰腺等脏器有无与腹泻有关的病变，对肠道肿瘤性病变也可提供依据。因此，B超、CT及MRI检查对消化吸收不良性腹泻及肿瘤性腹泻等均有辅助诊断价值。
3.结肠镜检查结肠镜检查对回肠末端病变，如肠结核、克罗恩病，其他溃疡性病变以及大肠病变，如溃疡性结肠炎、结肠、直肠息肉及癌肿、慢性血吸虫肠病等均有重要诊断价值。
4.逆行胰胆管造影检查对胆道及胰腺的病变有重要诊断价值。
5.小肠镜检查虽然小肠镜检查未能普遍开展(新型小肠镜即将问世)，但其对小肠吸收不良及Whipple病等有较重要诊断意义。小肠镜直视下可观察小肠黏膜的情况，活组织病理检查可判断微绒毛及腺体的变化等。